Godzilla Minus Zero se passa em 1949, dois anos após os acontecimentos tumultuosos de Godzilla Minus One, dando continuidade à história da família Shikishima, que se depara com uma nova calamidade. Ryunosuke Kamiki retorna ao papel de Koichi Shikishima, o herói que enfrentou o terror de Godzilla em Godzilla Minus One, junto de Minami Hamabe no papel de Noriko Shikishima, que sobreviveu milagrosamente ao primeiro ataque de Godzilla a Tóquio.